Oprócz działalności w organach samorządu doktorantów UKSW, doktoranci na mocy odpowiednich uchwał są delegowani do komisji uczelnianych pełniąc w nich funkcję członków doradców.
Są to następujące komisje uczelniane:
Komisje rektorskie:
1) Komisja ds. warunków pracy;
Komisje senackie
1) Komisja ds. organizacyjno-regulaminowych;
2) Komisja ds. mienia i finansów;
3) Komisja ds. kadr naukowych i odznaczeń;
4) Komisja ds. badań naukowych oraz współpracy krajowej i zagranicznej;
5) Komisja ds. dydaktycznych
Komisje uniwersyteckie
1) Rada biblioteczna;
2) Komisja dyscyplinarna dla doktorantów;
3) Uniwersytecka Komisja Dyscyplinarna dla nauczycieli akademickich;
4) Komisja ds. jakości kształcenia;
5) Odwoławcza komisja dyscyplinarna dla doktorantów.
Pozostałe (dot. doktorantów kształcących się poza Szkołą Doktorską)
1) Komisja stypendialna dla Doktorantów;
2) Odwoławcza Komisja stypendialna dla Doktorantów.